Pitkäaikaisessa eli kroonisessa (yli kolme kuukautta) jatkuneessa vaivassa ja kiputilassa pari-kolme hoitoa voi parhaassa tapauksessa vähentää oireita huomattavasti. Kuitenkin ilman ihmisen omaa aktiivisuutta tukevaa kuntoutusvaihetta oireet yleensä palaavat enemmin tai myöhemmin, koska oireiden erilaisia fyysisiä, psyykkisiä ja elintavallisia syitä ei ole mahdollista huomioida ja muuttaa vain passiivisella hoidolla.
Pitkäaikaisen vaivan hoidon vaiheet voi jakaa kolmeen eri vaiheeseen:
1) Akuuttivaihe
Tavoitteena on lievittää kipua parantamalla kehon toimintaa ja ohjata asiakasta omaan aktiivisuuteen oireiden hoidossa. Akuuttivaihe kestää lyhytaikaisissa vaivoissa tavallisesti muutamia kertoja, kun pitempiaikaisissa vaivoissa se kestää yleensä pitempään. Tarvittava hoitoaika- ja määrä riippuvat yksilöllisistä tekijöistä, kuten yleisterveydestä, vaivan alkuperästä, vakavuudesta ja jatkuneesta kestosta.
2) Kuntoutusvaihe
Tavoitteena on tasapainottaa, parantaa ja edistää kehon toimintaa ja luoda tila ja elämäntyyli, jossa oireiden palautuminen vähenee ja uusia episodeja esiintyy vähemmän. Kuntoutumisvaiheessa keskitytään harjoitteilla ja elintapaohjauksella mm. kehon ryhtiin, tasapainoon, liikeratoihin, lihashuoltoon, lihasepätasapainoon. Elintavoista ovat erityisen tärkeät liikunta, ravinto, stressi ja työ- ja vapaa-aikaperäisten tekijöiden huomiointi.
3) Ylläpitovaihe
Tavoitteena on vaikuttaa pitempiaikaisten vaivojen uusiutumisen ehkäisyyn hoidolla ja päivittää kuntoutusvaiheen harjoitteita, ohjeita ja neuvoja.